Bodrum Kalesi, iki liman arasında yer alan kayalık bir alan üzerine inşa edilmiştir. Antik çağlarda bir ada olan bu bölge, zamanla şehre bağlanarak bir yarımada halini almıştır. 1406 ile 1523 yılları arasında inşa edilen bu kale, St. Jean Şövalyeleri tarafından yapılmış olup, kare planlı ve 180 x 185 metre ölçülerindedir. İç kale içerisinde farklı ülkelerin adları verilen çeşitli kuleler yer almaktadır.
Bunların en yükseği, deniz seviyesinden 47,50 metre yüksekliğiyle Fransız Kulesi'dir. Diğer kuleler ise İtalyan Kulesi, Alman Kulesi, Yılanlı Kule ve İngiliz Kulesi olarak adlandırılmaktadır. Kalenin doğu duvarı haricindeki kısımları, çift beden duvarlarla desteklenmiştir. İç kaleye ulaşmak için toplamda yedi kapıdan geçmek gerekmektedir; bu kapılar üzerinde çeşitli armalar bulunmaktadır.
Bu armalarda haçlar, düz ya da yatay bantlar, ejderha ve aslan figürleri yer almaktadır.
İç kalede, Sapelin altı dahil toplam 14 sarnıç bulunmaktadır. Kaleye özgü diğer dikkat çekici yapılar arasında su hendeği, asma köprü, kontrol kulesi ve II. Mahmut'un tuğrası gibi unsurlar bulunmaktadır. 19. yüzyılın sonlarında kalenin hapishane olarak kullanıldığı dönemlerde, içinde bir hamam yapısı eklenerek Osmanlı mimarisinin izlerini taşımaya başlamıştır.
Bugün Bodrum Kalesi, Sualtı Arkeoloji Müzesi olarak hizmet vermektedir. Müze koleksiyonları arasında Türk hamamı, amphora sergisi, Doğu Roma Gemisi, Cam Salonu, cam batığı, sikke ve mücevherat sergisi, Karyalı Prenses Salonu, İngiliz Kulesi, İşkence ve Katliam Odaları ile Alman Kulesi gibi birçok eser bulunmaktadır.
Ayrıca, 33. 5 dönüm alana yayılmış açık mekanlarda da sergiler düzenlenmektedir. Müze, 1995 yılında Avrupa'da Yılın Müzesi Yarışması'nda "Özel Övgü" ödülüne layık görülmüştür.